Izvorno, Centar za komparativnohistorijske studije Zavoda za hrvatsku povijest Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu konstituiran je 5. lipnja 2001. godine „s namjerom da doprinese realizaciji načela programske orijentacije Zavoda u procesu njegove revitalizacije. Zamišljen je kao inovacijski, integracijski, komunikacijski i koordinacijski čimbenik u disciplinarnim okvirima hrvatske historiografije i u kontekstu šire znanstvene zajednice“. Ovom citatu iz pisma voditelja prof. dr. sc. Drage Roksandića i tajnice mr. sc. Zrinke Blažević od 14. siječnja 2002. godine, kojim je zakazan kolokvij „Komparativne metode u društvenim i humanističkim znanostima danas“ za 28. svibnja 2002., treba dodati još jedan u vezi s najvažnijim zadaćama Centra: „a) osviještena kritička refleksija epistemoloških postulata te inovacijskih teorijskih i metodoloških paradigmi historijske znanosti, kao i poticanje njihova uvođenja u nastavnu praksu i b) ispitivanje i promicanje kreativnih mogućnosti i perspektiva inter-, trans- i metadisciplinarnog dijaloga i suradnje“. Pored spomenutih, utemeljitelji Centra bili su (abecedno): Kristina Milković, Hrvoje Petrić, Marko Šarić i mr. sc. Nataša Štefanec.

Inače, Centar je proistekao iz iskustva stečenog istraživanjima u Međunarodnom istraživačkom projektu Triplex Confinium, koji su zajedničkom inicijativom potakli profesori Karl Kaser s Odsjeka za povijest Jugoistočne Europe Sveučilišta u Grazu i Drago Roksandić s Odsjeka za povijest Filozofskog fakulteta u Zagrebu te recurrent visiting professor Odsjeka za povijest Srednjoeuropskog sveučilišta u Budimpešti 1996. godine. Spomenuti Centar bio je isključivo zagrebačka inicijativa, koja je ubrzo evoluirala do koncepcije Centra za komparativnohistorijske i interkulturne studije. Budući da je Odsjek za povijest stjecajem raznih okolnosti odustao od revitalizacije Zavoda za hrvatsku povijest, ovaj njegov Centar je razvijajući svoje djelatnosti odlučio zatražiti svoju legalizaciju kao ustrojbena jedinica Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. (Dokumentacija o povijesti Centra od 2001. do 2005. dostupna je na poveznici http://www.ffzg.unizg.hr/pov/zavod/triplex/ckhikshrv.htm.)

Taj je postupak pokrenut na Odsjeku za povijest 2. siječnja 2005. godine, a 17. listopada 2006. godine ušao u završnu fazu zajedničkim podneskom inicijalnih članova Centra te profesora Sanje Cvetnić (Odsjek za povijest umjetnosti), Milane Černelić (Odsjek za etnologiju i kulturnu antropologiju), Davora Dukića (Odsjek za kroatistiku), Aleksandra Durmana (Odsjek za arheologiju), Ive Goldsteina (Odsjek za povijest), Zvonka Kovača (Odsjek za južnoslavenske jezike i književnosti), Smiljke Malinar (Odsjek za talijanistiku), Tihane Petrović (Odsjek za etnologiju i kulturnu antropologiju) i Matea Žagara (Odsjek za kroatistiku) Fakultetskom vijeću Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, koje je konačno 25. siječnja 2007. godine odlučilo: „Odobrava se institucionalizacija Centra za komparativnohistorijske i interkulturne studije“. Istog dana su Voditelj i Tajnica Centra najavili pokretanje inicijative Centra o utemeljenju poslijediplomskog doktorskog studija „Hrvatska povijest i kultura u ranome novom vijeku“.

Projekt Triplex Confinium i Centar imali su također znatnog udjela u utemeljenju „bolonjskog“ Specijalističkog usmjerenja Ranonovovjekovna povijest Europske regije i hrvatska povijest u ranome novom vijeku, cca. 1450.-1800.: habsburška, mletačka i osmanska imperijalna baština u komparativnoj perspektivi, koji je počeo funkcionirati 2008./2009. godine. Centar je 20. studenog 2005. godine revitalizirao svoj Program društveno-humanističkih i kulturoloških istraživanja Desničini susreti, izvorno utemeljen 1989. godine u Zavodu za hrvatsku povijest, koji se u proteklom razdoblju afirmirao kao znanstveno i kulturno najrazvijenija, dugoročno projicirana istraživačka, dijaloška i izdavačka djelatnost Centra. Brojna izdanja Biblioteke Desničini susreti, koju uređuju prof. dr. sc. Drago Roksandić i Ivana Cvijović Javorina, prof. te druge serije Centra omogućuju da pretežan dio istraživačkih spoznaja bude objelodanjen.

Centar je također bio važan akter u pripremi Sporazuma o utemeljenju Međunarodnoga sveučilišnog centra u kompleksu Kule Stojana Jankovića, koji su 29. listopada 2009. godine potpisali rektor Sveučilišta u Zagrebu, prof. dr. sc. Aleksa Bjeliš i vlasnici Kule gospođe Olga Škarić, Jelena Ivičević-Desnica, dr. sc.  Nataša Desnica-Žerjavić i gospodin dr. sc. Uroš Desnica. U čl. 1., pored ostalog, konstatirano je: „Centar za komparativnohistorijske i interkulturne studije Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu je u proteklom desetljeću u kompleksu Kule Jankovića obavljao svoje djelatnosti, što predstavlja temelj i inicijativu za osnivanje Međunarodnog sveučilišnog centra „Kula Jankovića“.“ Nakon dugotrajnih priprema, Fakultetsko vijeće Filozofskog fakulteta u Zagrebu je na svojoj sjednici održanoj 20. prosinca 2012. godine donijelo Pravilnik o organizaciji rada Centra za komparativnohistorijske i interkulturne studije, kojim su regulirani ustrojstvo, ali i djelatnosti Centra. Pravilnik je omogućio da Centar postane još poduzetniji i inovativniji akter daljnjeg razvoja Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.